A vonatkozó uniós rendelet szerint (1305/2013/EU rendelet) a tagállamnak a Vidékfejlesztési Program tekintetében ki kell jelölnie irányító hatóságot, akkreditált kifizető ügynökséget és tanúsító szervezetet, valamint a 908/2014/EU végrehajtási rendelet szerint illetékes hatóságot.

A Vidékfejlesztési Program intézményrendszere Magyarországon:

• az irányító hatósági feladatokat a Miniszterelnökség,
• az illetékes hatósági feladatokat a Miniszterelnökség,
• az akkreditált kifizető ügynökségi feladatokat a Magyar Államkincstár látja el.