A Nemzetközi Együttműködési Programok Irányító Hatóságának kezelésébe tartoznak az ETE, IPA, ENPI Programok, a Svájci Hozzájárulás, az EGT Norvég FM, a Twinning (ikerintézményi) Program, valamint a már lezárul programok vonatkozásában az Átmeneti Támogatás, az Előcsatlakozási Alapok, a Schengen Alap, valamint az INTERREG Közösségi Kezdeményezés.