A koordinációs szerv (Innovációs és Technológiai Minisztérium) által ellátandó legfontosabb feladatok a 1303/2013/EU rendeletben megfogalmazottakon túl, a vonatkozó hazai jogszabály (272/2014. (XI.5.) Korm. rendelet) szerint:

• a program- és projekt végrehajtás egységességének biztosítása (egységes jogszabályi környezet, sablon dokumentumok elkészítése)
• az éves fejlesztési keret tervezési folyamatának koordinációja
• rendszerleírások elkészítésének koordinációja
• felhívások minőségbiztosítása, közzététele
• partnerségi egyeztetési, kommunikációs feladatok koordinációja
• Magyarország képviselete az uniós bizottságokban, munkacsoportokban
• Partnerségi Megállapodás Monitoring Bizottság titkársági feladatainak ellátása
• külső ellenőrzések miatt felmerülő feladatok koordinációja
• közbeszerzési eljárások szabályosságának ellenőrzése
• egyeséges monitoring és információs rendszer működtetése
• csalás elleni tevékenység koordinációja
• a programok előrehaladásának nyomon követése, indikátorok figyelése
• az éves végrehajtási jelentés elkészítésének koordinációja
• teljesítmény keretrendszer felügyelete
• pénzügyi folyamatokkal kapcsolatos feladatok
• IH döntés ellen benyújtott kifogások elbírálása
• IH által hozott szabálytalansági döntések elleni jogorvoslati kérelmek elbírálása

A koordinációs szerv tehát főként az IH-k munkáját segítő, támogató feladatokat végez, az operatív programok végrehajtása teljes mértékben az IH-k feladata.