A koordinációs szerv (Innovációs és Technológiai Minisztérium) által ellátandó legfontosabb feladatok a 1303/2013/EU rendeletben megfogalmazottakon túl, a vonatkozó hazai jogszabály (272/2014. (XI.5.) Korm. rendelet) szerint:
- a program- és projekt végrehajtás egységességének biztosítása (egységes jogszabályi környezet, sablon dokumentumok elkészítése)
- az éves fejlesztési keret tervezési folyamatának koordinációja
- rendszerleírások elkészítésének koordinációja
- felhívások minőségbiztosítása, közzététele
- partnerségi egyeztetési, kommunikációs feladatok koordinációja
- Magyarország képviselete az uniós bizottságokban, munkacsoportokban
- Partnerségi Megállapodás Monitoring Bizottság titkársági feladatainak ellátása
- külső ellenőrzések miatt felmerülő feladatok koordinációja
- közbeszerzési eljárások szabályosságának ellenőrzése
- egyeséges monitoring és információs rendszer működtetése
- csalás elleni tevékenység koordinációja
- a programok előrehaladásának nyomon követése, indikátorok figyelése
- az éves végrehajtási jelentés elkészítésének koordinációja
- teljesítmény keretrendszer felügyelete
- pénzügyi folyamatokkal kapcsolatos feladatok
- IH döntés ellen benyújtott kifogások elbírálása
- IH által hozott szabálytalansági döntések elleni jogorvoslati kérelmek elbírálása
A koordinációs szerv tehát főként az IH-k munkáját segítő, támogató feladatokat végez, az operatív programok végrehajtása teljes mértékben az IH-k feladata.
