A Kohéziós Alap feladata, hogy a környezetvédelem és a közlekedés területén nagy méretű fejlesztéseket finanszírozzon. A fejlesztések célrendszerét és helyét a magyar közlekedés, illetve környezetvédelmi politikában a magyar Kohéziós Alap keretstratégia határozza meg.

A Kohéziós Alap egyfelől folytatja az ISPA program már megkezdett fejlesztéseit. Másfelől, új beruházásokat is indít, összesen mintegy 1 milliárd euró (260 milliárd forint) értékben.