Bár eredetileg a Bizottsági javaslat szerint kizárólag a 2007. január 1-je után keletkezett költségek lettek volna elszámolhatóak, a tárgyalások során megállapodottak értelmében a programok indítása – elszámolhatóság – már az Operatív Programok benyújtását követően megkezdődhet.

Elszámolható költségek:

Az elszámolható költségek tekintetében szintén új megközelítés lép életbe. Eszerint nem lesz külön a költségek elszámolhatóságát szabályozó végrehajtási rendelet, hanem a Bizottság – néhány kivételtől eltekintve – tagállami szabályozásba utalja a költségek elszámolhatóságának meghatározását. Ennek megfelelően az alap-rendeletekbe csupán néhány nem elszámolható költség-kategória kerül bele.

Támogatható tevékenységek:

Új megközelítés a támogatható tevékenységek tekintetében, hogy az egyes célkitűzések kapcsán nem ugyanazok a tématerületek támogathatók. Így a Bizottság javaslata a Konvergencia célkitűzés esetében elsősorban a felzárkózást elősegítő, sokkal inkább beruházási jellegű, infrastruktúra-fejlesztést támogató tevékenységek támogathatósági körére koncentrál, míg a Regionális versenyképesség esetében a – lisszaboni célokkal, valamint az Unió aktuális kihívásaival összhangban – főként a versenyképesség-növelő, elsősorban K+F, KKV-fejlesztési, oktatási stb. tevékenységekre koncentrál.