2006 folyamán a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség és a szaktárcákban működő operatív programok irányító hatóságai szoros együttműködésben elkészítették az I. Nemzeti Fejlesztési Terv (I. NFT) és beavatkozásainak közbenső értékelését.

A 2006-ban lezárult értékelés a következő megállapításokat tette

  • Az I. NFT és operatív programjai  az Európai Unió és a hazai átlagos jövedelemszint (praktikusan az egy főre eső GDP) közötti különbségek mérsékléséhez szignifikánsan hozzájárultak  a hatásvizsgálatok szerint;
  • Az értékelések ugyanakkor természetesen rámutattak problémákra mind a tervezés, a programozás, mind pedig a végrehajtás területén. A legtöbb probléma középpontjában a csatlakozás előtti hazai programok tapasztalatai összegyűjtésének, rendszerezésének és felhasználásának hiányosságai álltak

Az  értékelés fő tanulságai:

  • Szorosabb együttműködésre van szükség a tervezés és a végrehajtás között annak érdekében, hogy a végrehajtási tapasztalatok könnyebben becsatornázódhassanak a tervezésbe.
  • A beavatkozások hatásmechanizmusainak feltárására több figyelmet kell fordítani, ezzel ugyanis a programoknak mind a hatékonysága, mind a hatásossága növekedhet.
  • A teljes EU-s intézményrendszer számára transzparensen és expliciten kell megfogalmazni a célrendszert, és ezt a lehető legmagasabb szintű jogszabályokban rögzíteni kell.
  • A  Strukturális  Alapok végrehajtási rendszerét jelentősen egyszerűsíteni kell.